El Consejo Europeo de Investigaciones Sociales de América Latina (CEISAL) fue fundado en el Castillo de Rheda, Westfalia, el 16 de abril de 1971, como una iniciativa para construir un puente entre el Oeste y el Este de Europa. La intención fue de abrir un espacio de libertad académica y de intercambio crítico entre las dos regiones para contribuir al desarrollo del latinoamericanismo europeo. Participaron en el acto de fundación 24 instituciones de investigación y docencia de 8 países de Europa Occidental así como de Polonia y Hungría y -vale decirlo aquí también- silenciosamente, Checoslovaquia. El protagonista de esta aventura intelectual y académica fue Hanns-Albert Steger, reconocido sociólogo de la Universidad Erlangen-Nürnberg, quien presidió CEISAL durante 24 años. Los estatutos fueron registrados oficialmente por el Estado austriaco en 1980 y la sede jurídica radica hasta hoy en el Instituto Austriaco para América Latina de Viena. La UNESCO reconoció a CEISAL en 1984 y le dio en 1997 el estatuto oficial de organización no gubernamental en relaciones operacionales con la UNESCO. Los estatutos fueron modificados en 1998 y 2002 para adecuar al Consejo a las exigencias de tiempos de cambio profundo y para tener mayor flexibilidad, eficiencia y transparencia del organismo.
El primer presidente de CEISAL, Hanns-Albert Steger, estuvo en el cargo desde 1971 hasta 1995. Su seguidor fue el Romain Gaignard, geógrafo de la Universidad de Toulouse, quien dirigió CEISAL entre 1995 y 2001. El tercer presidente fue Andrzej Dembicz, geógrafo de la Universidad de Varsovia, desde 2001 hasta 2007. El cuarto fue Klaus Bodemer, politólogo del German Institute of Global and Area Studies (GIGA)-Institut of Latin American Studies (ILAS), elegido en agosto de 2007, en Berlín, en representación de la Asociación Alemana de Investigaciones sobre América Latina (ADLAF), por el período de tres años. La sede de CEISAL fue el GIGA-ILAS en Hamburgo. En el Congreso de Toulouse de julio de 2010 fue elegido para la presidencia el Instituto de Iberoamérica de la Universidad de Salamanca, siendo elegido, por tanto, presidente su Director, Miguel Carrera Troyano, mientras que la vice-presidencia recayó en Detlef Nolte de la Asociación Alemana de Investigaciones sobre América Latina (ADLAF). Entre 2013 y 2016 Carlos Quenan de Institut des Ameriques (IdA), Francia, mantuvo la presidencia.
